Om het begin van de parochie te achterhalen moeten we ver terug in de geschiedenis. In 1090 vertrok Robrecht, graaf van Vlaanderen, naar het Heilig Land op kruistocht. De legende vertelt dat de heilige Andreas in een droom aan Robrecht meedeelde dat hij de overwinning zou behalen. Robrecht slaagde in zijn opzet, en meteen liet hij op zijn domein Ter Straeten een abdij bouwen die hij toewijdde aan Sint Andreas. In 1098 begonnen zes monniken, Benediktijnen van Affligem, hier een nieuwe gemeenschap.
In 1200 werd begonnen met de bouw van de Sint-Andriesabdij en de kerk. In 1242 werd een parochie opgericht met dezelfde naam: Sint-Andries. De kerk werd in twee delen opgesplitst: de parochiekerk en het abdijkoor.
De huidige kerk staat op de grondvesten van de vroegere abdijkerk. Door verbouwingen en een grote brand in 1869 is niets meer overgebleven van het oude gebouw, tenzij een stuk van de noordermuur en de toren. Die is van de 16de eeuw.
De kloostergebouwen werden afgebroken en de monniken verjaagd tijdens de Franse Revolutie.
In 1902 kwamen de Benediktijnen terug naar Sint-Andries na de oprichting van de huidige abdij van Zevenkerken. De eerste monniken waren afkomstig van de abdij van Maredsous.
Voor meer informatie, zie het boek van L. Storme en anderen, 900 jaar Sint-Andriesparochie.