De parochie Sint-Willibrord, die een deel van de Brugse deelgemeenten Sint-Andries en Sint-Michiels bestrijkt, dateert pas van het midden van de twintigste eeuw. De groei van nieuwe wijken aan weerszijden van de Torhoutse Steenweg vanaf het begin van de jaren 1950 deed het Bisdom Brugge in 1957 beslissen een nieuwe parochie te stichten en er een nieuwe kerk te bouwen.
De parochie werd genoemd naar de missionaris en latere aartsbisschop Sint Willibrord (ca. 658 – 739), die het Kanaal overstak om Friesland te kerstenen en van daaruit een groot gebied bezocht dat zich uitstrekte tot België en Luxemburg. Hij ligt begraven in de door hem gestichte Abdij van Echternach. De keuze voor Sint Willibrord had ermee te maken dat in 1958 diens 1.300ste verjaardag herdacht zou worden. Bij haar stichting eind 1957 telde de Sint-Willibrordparochie 2.250 parochianen. Dat aantal zou stijgen tot 3.716 in 1964.
Voor de bouw van de nieuwe kerk kocht het Bisdom eerst het stuk weiland op de hoek van Doornstraat, Expresweg en Torhoutse Steenweg, waar nu drie restaurants waaronder een Quick, uitgebaat worden. Maar nadat de Brugse Zusters Apostolinnen op de hoek van de Keurvorst Karel Theodoorstraat en de Doornstraat een stuk grond gekocht hadden voor de bouw van een meisjesschool, nu het O.-L.-V.-Hemelvaartinstituut en de Vrije Basisschool Sint-Lodewijks, kocht het Bisdom op zijn beurt het aanpalende perceel aan en besliste het daar de kerk te bouwen. De nieuwe kerk was bedoeld als een ‘voorlopige’ noodkerk. Ze werd ontworpen door architect Albert Laloo.
Het rechthoekig hoofdgebouw zou 37 op 14 meter meten en plaats bieden aan 500 mensen. Zoals nu nog een gedenksteen in de straatgevel aangeeft, werd de kerk deels betaald met een gift van de bisschoppelijke tombola Domus Dei. Ze werd officieel ingewijd op 5 juli 1958. De grote klok werd aangekocht van de Onze-Lieve-Vrouwkerk in Poperinge, weegt ca. 170 kg en dateert van 1814; de kleine klok werd gegoten in 1814 en is afkomstig van Tielt.
In 1960 besliste het gemeentebestuur van Sint-Andries de definitieve Sint-Willibrordkerk te bouwen op het eerst aangekochte stuk weiland, en er werd een architectuurwedstrijd voor uitgeschreven. Maar datzelfde jaar werd het traject van de geplande Expresweg N31 gewijzigd, waardoor een deel van het door het Bisdom gekochte perceel onteigend moest worden. Om die reden, en rekening houdend met de toen al merkbare daling van het kerkbezoek in Vlaanderen, werden de bouwplannen voor een grotere kerk definitief geschrapt in november 1961 en werd de voorlopige kerk meteen de definitieve kerk van Sint-Willibrord.
In de zomer van 1987 konden uitgebreide verbouwingswerken aan de voorlopige kerk afgerond worden, naar een ontwerp van architect Arthur Degeyter, die ook de ontwerpen voor het kerkmeubilair tekende. Het interieur van de kerk veranderde daarmee radicaal, het werd aangenamer en knusser. Het altaar kreeg halverwege de lange zijde een centrale plaats in de kerk, en het vroegere koor werd een door schuifbare glazen wanden afsluitbare weekkapel, waar ook de doopvont een plaats kreeg. Naast de kerk werd in hetzelfde jaar het nieuwe Parochiaal Ontmoetingscentrum (POC) in gebruik genomen.
Alle glasramen werden gerealiseerd met schenkingen. De drie glasramen boven het altaar werden ontworpen en uitgevoerd door Michel Martens, het glasraam aan de straatzijde dat de schepping evoceert is van de hand van Mieke Verwaetermeulen, en de glasramen boven de ingang zijn ontworpen door Michel Vernimme en uitgevoerd door Pia Burrick.
In de loop van zijn bestaan kende Sint-Willibrord vier opeenvolgende pastoors. Bij de pensionering in 2011 van de laatste pastoor, E.H. Herman Clement, werd geen nieuwe pastoor aangesteld maar werd een pastorale ploeg van vier leken verantwoordelijk voor de parochiewerking. Sint-Willibrord was op dat moment, en reeds sinds 2004, deel van de Federatie Sint-Andries/Sint-Michiels, waardoor voor het leiden van de eredienst een beroep gedaan kon worden op priesters uit de Federatie. In 2015 is deze Federatie de Pastorale Eenheid Emmaüsparochie geworden, ze bestaat uit de vijf vroegere parochies van beide Brugse deelgemeenten.
Voor dit historisch overzicht werd gebruik gemaakt van het artikel “St.-Willibrordparochie 1958-2008 – deel 2”, dat Omer Timmerman schreef voor de Kroniek van Sint-Andries nr. 137 (2008)