De Sint-Godelieveparochie werd in 1963 opgericht om in de pastorale en kerkelijke behoeften te voorzien van de nieuwe woonwijken op Sint-Michiels, achter het Boudewijnpark en tussen de Heidelbergstraat, Spoorwegstraat en Rijselstraat. De parochie kreeg – naast de Vlaamse heilige Godelieve van Gistel – ook nog als patroon de Vlaamse graaf Gelukzalige Karel de Goede.
Bij de oprichting van de parochie was er evenwel nog geen kerk. Daarom droeg de eerste pastoor en stichter van de parochie, Jozef Houttekier, de eerste missen voor zijn nieuwe parochianen op in de kerk van Sint-Michiel en in de abdijkerk van Steenbrugge.
Dat duurde evenwel niet lang, want reeds een jaar na de oprichting van de parochie, in 1964, stond de nieuwe kerk er, modern en ingericht om de nieuwe liturgie van het Tweede Vaticaans Concilie tot haar volle recht te laten komen.
Drie jaar na de bouw van de kerk kreeg de parochie van de Witte Zusters van Afrika een klein gebouwtje in de uithoek van hun domein ter beschikking als parochiaal ontmoetingscentrum. Dit was de start van een bloeiend verenigingsleven. Ook het huidige Jeugdhuis Thope werd daar geboren maar heette toen Jeugdclub Sint-Godelieve. Die jeugdwerking voor adolescenten en studenten was een initiatief van de toenmalige medepastoor Jan Maréchal die Stefaan Mahieu als medepastoor had opgevolgd en op zijn beurt werd opgevolgd door achtereenvolgens Jules Lamote, José Brusselle, Arthur Dehem en Wilfried Beke.
Pastoor Jozef Houttekier ging in 1979 met pensioen. Michel Sys werd de nieuwe pastoor en werd twee jaar later opgevolgd door Gerard Vermeylen. Deze breidde in 1989 de kerk uit met een weekkapel aan de straatzijde.
In 1990 werd Ludgard Decroos pastoor, hij bleef dit tot zijn pensionering in 2012. Hij installeerde in 1992 een nieuw Johannesorgel en plaatste in 1995 een nieuw altaar en een nieuwe lezenaar. In 1999 rees, na de verkoop van het domein van de Witte Zusters en het verlies van het parochiaal centrum, op vraag van pastoor Decroos en op enthousiast initiatief van een groep vrijwilligers, een nieuw en ruim ontmoetingshuis naast de kerk op, Onze Ark.
In 2006 installeerde Ludgard Decroos een doophoek in de kerk. Hij liet uit de zijpanelen van de verdwenen biechtstoelen kunstzinnige installaties maken voor de doophoek en voor de rouwhoek. In 2009 kwam een nieuwe kruisweg in de kerk.
Inmiddels was in 2003 Sint-Godelieve als parochie opgenomen in de nieuwe pastorale federatie van Sint-Andries en Sint-Michiels, om in 2015 als pastorale kern op te gaan in de nieuwe Pastorale Eenheid van de Emmaüsparochie.